Section

  • Open allClose all

  • Instructions: Clicking on the section name will show / hide the section.

  • 1

    Pertemuan 1

    ** Sudah Terlaksana **
      Week
      1
    • 2

      Pertemuan 2

      ** Sudah Terlaksana **
        Week
        2
      • 3

        Pertemuan 3 :
        16 March - 22 March

        Week
        3
      • 4

        Pertemuan 4 :
        23 March - 29 March

        Week
        4
      • 5

        Pertemuan 5 :
        30 March - 5 April

        Week
        5
      • 6

        Pertemuan 6 :
        6 April - 12 April

        Week
        6
      • 7

        Pertemuan 7 :
        13 April - 19 April

        Week
        7
      • 8

        Pelaksaan UTS :
        20 April - 26 April

        Ujian Tengah Semester /UTS
          Week
          8
        • 9

          Pelaksaan UTS :
          27 April - 3 May

          Ujian Tengah Semester /UTS
            Week
            9
          • 10

            Pertemuan 8 :
            4 May - 10 May

            • Forum Diskusi Sesi 8 - Database Searching 2 (BLAST)
              Forum diskusi tentang analisis Database similarity search salah satunya adalah BLAST. Kuliah menyampaikan tentang Hands-On melakukan BLAST pada laman NCBI. Empat jenis BLAST yaitu BLASTN, BLASTP, BLASTX dan TBLASTN dilakukan dan diajarkan pada mahasiswa. Pada akhir kuliah diharapkan mahasiswa mampu melakukan BLAST pada NCBI serta memahami evaluasi dari hasil homology searching menggunakan BLAST.

              Mahasiswa harap standby di depan monitor selama forum diskusi dan aktif.


            Week
            10
          • 11

            Pertemuan 9 :
            11 May - 17 May

            • Forum Diskusi Sesi 9
              Forum diskusi ini tentang analisis Multiple Sequence Alignment (MSA) 1 dimana penjelasan difokuskan pada konsep dasar MSA, kriteria MSA, konsep Sum of Pairs (SP), berbagai jenis searching strategy untuk MSA, penjelasan detil heuristic search: progressive dan iterative alignments, serta pembahasan detil Clustal W, T-Coffee, MAAFT, dan MUSCLE.

              Mahasiswa harap standby di depan monitor selama forum diskusi dan aktif.


            Week
            11
          • 12

            Tidak Ada Perkuliahan :
            18 May - 24 May

            LIBUR Hari Raya Idul Fitri 1441 H
              Week
              12
            • 13

              Tidak Ada Perkuliahan :
              25 May - 31 May

              LIBUR Hari Raya Idul Fitri 1441 H
                Week
                13
              • 14

                Pertemuan 10 :
                1 June - 7 June


                • Forum Diskusi Sesi 10
                  Forum diskusi membahas tentang analisis Multiple Sequence Alignment (MSA) 2 dimana penjelasan difokuskan pada pengembangan konsep dasar MSA terutama mengambil contoh MAFFT. Kuliah difokuskan pada akses terhadap software online MAFFT https://mafft.cbrc.jp/alignment/server/ dimana mahasiswa akan diminta untuk melakukan analisis pensejajaran sekuen pada website tersebut dengan menggunakan strategi alignment yang berbeda untuk paham membedakan hasil akhir alignment-nya.

                  Mahasiswa harap standby di depan monitor selama forum diskusi dan aktif.

                Week
                14
              • 15

                Pertemuan 11 :
                8 June - 14 June

                • Forum Diskusi Sesi 11
                  Forum diskusi membahas tentang pengenalan ringkas teknik PCR dan bagaimana melakukan desain primer. Mahasiswa dikenalkan pada parameter-parameter penting yang digunakan untuk melakukan desain primer. Parameter-parameter tersebut merupakan hasil kajian fisiko-kimia yang mendasari bagaimana primer PCR yang baik seharusnya disintesis. Mahasiswa utamanya ditekankan pemahamannya akan stabilitas daerah 3' pada primer yang menentukan perolehan sekuen DNA target dari PCR.


                  Mahasiswa harap standby di depan monitor selama forum diskusi dan aktif.

                Week
                15
              • 16

                Pertemuan 12 :
                15 June - 21 June

                • Forum Diskusi Sesi 12
                  Kuliah ini tentang praktek dan hands-on bagaimana melakukan desain primer pada dua software online Primer3Plus dari tim bioinformatika Belanda dan PrimerBLAST dari NCBI. Keduanya memiliki perbedaan pendekatan dan kuliah ini menekankan bagaimana perbedaan tersebut. Pada akhir kuliah, mahasiswa akan diminta untuk melakukan desain primer PCR sendiri dengan menggunakan PrimerBLAST pada sekuen yang diberikan. 


                  Mahasiswa harap standby di depan monitor selama forum diskusi dan aktif.

                Week
                16
              • 17

                Pertemuan 13 :
                22 June - 28 June

                • Forum Diskusi Sesi 13
                  Kuliah ini mengambil penjelasan tentang analisis filogenetika dasar, terminologi dari masing-masing bagian pohon filogenetika, kemudian menjelaskan pula teknik pembuatan pohon filogenetika dengan mempertimbangkan metode (1) Multiple sequence alignment, (2) Choice of a model of evolution & AA subs matrices serta (3) Determine a tree building method. Kuliah juga fokus dalam menjelaskan metode tree building seperti UPGMA dan Maximum-Likelihood.

                  Mahasiswa harap standby di depan monitor selama forum diskusi dan aktif.
                Week
                17
              • 18

                Pertemuan 14 :
                29 June - 5 July

                • Forum Diskusi Sesi 14

                  Kuliah ini menjelaskan praktik analisis filogenetika dasar dengan menggunakan alignment MAAFT secara berbeda yaitu progressive alignment dan iterative alignment kemudian diikuti dengan pembentukan pohon filogenetik dengan pendekatan untuk asam amino dan bootstrap. Mahasiswa akan berlatih berulang hingga memahami konsep pembuatan pohon filogenetika.


                  Mahasiswa harap standby di depan monitor selama forum diskusi dan aktif.

                Week
                18
              • 19

                Pelaksanaan U A S :

                Ujian Akhir Semester /UAS
                  Week
                  19
                • 20

                  Pelaksaan U A S :

                  Ujian Akhir Semester /UAS
                    Week
                    20